A török uralom idején a lakosságot a papi teendőket végző laikusok, a licenciátusok tartották meg a katolikus hitben.
Jakusich György veszprémi püspök kezdeményezésére indult meg az egyházmegye somogyi részén 1640-ben, a török hódoltság idején az andocsi misszió, amelyet 1686-ig a jezsuita atyák tartottak fenn.
1643-ban P. Horváth János, az első jezsuita missziós atya így ír Bécsbe a tartományfőnöknek munkájáról: Ebbe a misszióba rendelt engem az elhunyt tartományfőnök a pécsi misszióból, 8 hónapon keresztül teljesen egyedül voltam, míg végre segítséget kaptam Csomovay Pál laikus testvér személyében, aki licenciátusi minőségében prédikál, hitoktat, keresztel, egyéb lelki dolgokban is járatos, és segít engem, míg egy szintén magyarul tudó, de immár felszentelt papot kapok majd társul, aki alkalmas lesz a misszióra... Andocson ugyan van plébánia, de régóta üres, dezolált állapotban, ahol a Mindenszentek temploma is ugyanígy elárvult, ahol a csodatevő Szűzanya szobra viszont épségben most is megvan... E misszió a veszprémi püspökség területén van, a Balatontól innen, a török megszállás alatt. 30 vagy 34 mérföld hosszú a kiterjedése, Kanizsától Budáig, Kaposvártól Fehérvárig".
A magyar történelemnek ebben a nehéz korszakában kezdődik az andocsi kegyhely története. Nagy egyénisége volt a missziónak Horváth Miklós atya, aki 1665-81-ig szolgált itt. A kegykápolnának igen gazdag búcsúkat eszközölt ki a Szentszéktől, és a kegyhelyet pár év alatt Nyugat-Magyarország legjelentősebb búcsújáró-szentélyévé fejlesztette. Társai között találjuk P. Kőrösi Jánost, aki vele együtt a győri pestisjárványban halt meg 1681-ben - továbbá 1673-tól P. Kereskényi Istvánt. Korábbi társai voltak még: P. Berkai János és P. Blaskovics Miklós.

A jezsuita atyák Pécs török uralom alól való felszabadítása után végleg elhagyták Andocsot. A rendtartomány vezetése 1686-ban visszarendelte őket Pécsre. Az andocsi kegykápolna - akkor már ismert, látogatott búcsújáróhely - harminc éven keresztül, 1716-ig gondozók nélkül maradt. Tokay Benedek, igali plébános igyekezett a környéken ellátni a lelkipásztori munkát.
A későbbi ferences kolostor házi krónikása írja: gróf Volkra Ottó János veszprémi püspök azért hívta Andocsra a ferenceseket, mivel - látta a pusztulás utálatosságát állni a szent helyen".
A ferences atyák az 1716. szeptember 3-án kelt püspöki leirat szerint négy fővel vonultak be Andocsra. Zics és Nágocs lelkipásztori ellátását is vállalták. 1720-ig az első szegényes missziósházban laktak, 1721-ben új, 12 szobás rendházat építettek. Az első rendfőnök P. Gyarmathy Sámuel volt. 1723-ban ez az új ház egy véletlen folytán leégett, de a kápolna sértetlen maradt.
Az építendő új kolostor alapkövét 1725. május 8-án tették le nagy néptömeg előtt, ami feltehetőleg 15 évig épült. Ez a kolostoregyüttes, amit ma is láthatunk, barokk stílusban épült.
1739. május 25-én, Szent Ferenc testének átvitele ünnepén tette le az új templom alapkövét Pöstyén Mihály őrkanonok, püspöki helynök, sok egyházi méltóság és nagy néptömeg előtt. A templom barokk stílusban épült a gótikus kegykápolnához, amely a szentély lett. 1745-ben elkészült a Szűzanya kedves új hajléka.
1746-ban a kegykápolna régi, szúette gótikus oltárát lebontották, és helyére Zichy Ádám a mostani díszes barokk oltárt építtette. A mellékoltárok 1746-47-ben készültek el.
A templom ünnepélyes felszentelésére 1747. december 17-én került sor, amit Padányi Bíró Márton veszprémi megyéspüspök végzett.
A templom védőszentje a mennybe felvett Istenanya. Főbúcsúja augusztus 15-én, Nagyboldogasszony ünnepén van.
Az andocsi kápolna már a török hódoltság idején, de különösen 1665-től látogatott búcsújáróhely. A ferences atyák Andocsra költözésével a régi hagyomány feléledt, és rövid idő alatt az egész vidék lelki központja lett. A kolostoregyüttes és a templom felépítésével a búcsújárás követelményeinek is eleget tudott tenni. Mária-ünnepeken, Szent Ferenc és Szent Antal ünnepén ezrével keresték fel a hívek a kegyhelyet. Egy 1929-ben kiadott ismertető 13 búcsúnapot sorol fel, áldozócsütörtöktől Magyarok Nagyasszonya ünnepéig.
Az e század elején bevezetett Jézus Szíve-tiszteletnek is méltó keretet akartak adni, ezért a bal oldali második mellékoltár képét 1912-ben a Szentséges Szív képével cserélték fel, hogy a templomnak Jézus Szíve-oltára is legyen.
Mivel a rendtartomány nagyszombati klerikus és malackai laikus novíciusháza a trianoni békeszerződésben Csehszlovákiához került, sürgősen fel kellett állítani a rendtartomány új novíciusházát. A választás az andocsi kolostorra esett, mely egészen 1948-ig így működött.

A templom belseje

Amikor a ferences atyák 1716-ban letelepedtek Andocson, ott a 15. században épült gótikus kegykápolnát, abban egy kopott oltárt, és az oltáron három faszobrot, a Boldogságos Szűz, Szent Katalin és Szent Dorottya szobrát találták. A kegyszobor a szakértők szerint legalább ötszáz éves. A Boldogságos Szűz jobb karján tartja a kis Jézust, mindkettőnek a fejét korona ékesíti. A régi oltárt 1746-ban Zichy Ádám adományaként a mostani barokk oltárra cserélték ki. Még négy szobrot helyeztek a főoltárra: Szent István és Szent László magyar királyok, továbbá a ferences rend alapítójának, Szent Ferencnek a szobrát, és itt találjuk még a Páduai Szent Antalt ábrázoló, remekmívű alkotást is.
A kegyoltár asztalát vörös márványból 1752-ben Gál Gábor készíttette. A tabernákulumot 1912-ben Sztehló Ottó műépítész tervei alapján Levisch Róbert, szombathelyi templomrestaurátor készítette.
Jobbról az első mellékoltár Páduai Szent Antal oltára, 1746-ban Zichy Ádám építtette. A fent lévő kisebb vászonkép azt a jelentet ábrázolja, amikor Szent Antal megparancsolja Bonvilló szamarának, hogy az Oltáriszentség előtt hajtson térdet. Lejjebb van a Zichy-család címere, mely alatt az oltárkép látható. Mellette kétoldalt Szent Katalin és Szent Borbála szobra van.
A következő jobb oldali oltár Szent Anna oltára. bibliai személyekkel. Tetején Szent Józsefnek, az Anyaszentegyház védőszentjének az alakja látható, karján a kis Jézussal. Alatta az oltárt készíttető Jankovics család címere. Jankovics István 1747-ben készíttette az oltárt. Az oltárkép Szent Annát, Joakimot és a gyermek Szűz Máriát ábrázolja. Mellette Keresztelő Szent János szüleinek: Szent Erzsébetnek és Zakariásnak a szobra található. 1747-ben Lengyel Gáspár készíttette. Szintén az ő adománya Szent Flórián falra épített, ember nagyságú, impozáns szobra. Majd jobb oldalt, utolsóként a hajóban, a "Jánosok" oltára következik. Az oltárképen Nepomuki Szent János, a gyónási titok vértanúja, mellette Keresztelő Szent János és Szent János apostol és evangélista szobra. Az oltárkép felett az adományozó Lengyel család címere van.
A bal oldali első oltár Assisi Szent Ferenc stigmatizációját örökíti meg. Ő az első, akinél történelmileg bizonyítható, hogy megkapta és éveken át testén viselte Jézus öt szent sebét. A kép mellett kétoldalt Szent Sebestyén és Szent Rókus hitvalló szobra látható. Az oltárt Lengyel Gáspár készíttette 1746-ban.
A bal oldali második oltár a Jézus Szíve-oltár. Lengyel Lajos készíttette 1746-ban. Fent Szent Imre herceg szobra van, alatta a Lengyel család már ismert címere. A régi, eredeti Szeplőtelen Fogantatás-oltárképet 1912-ben P. Kiss Arisztid házfőnök levetette, és a klasszicista stílusban festett Jézus Szíve-képet helyeztette az oltárra. Kétoldalt a két apostolfejedelem: Szent Péter és Szent Pál szobra látható.
A kiemelkedő értéket képviselő szószéket Lengyel Lajos készíttette barokk stílusban 1747-ben. A tetején a Szűzanya szobra van, amint jobb kezében tartja Szent Fiát, lába a földgömböt körülfogó kígyó fejét és a félholdat tapossa. Alatta a készíttettő címere és a négy híres ferences hitszónoknak: Kapisztrán Szent Jánosnak, Szent Bonaventurának, Anjou Szent Lajos püspöknek és Szienai Szent Bernardinnak a szobra áll. A szószék alsó részén a négy evangélistának: Szent Máténak, Szent Márknak, Szent Lukácsnak és Szent Jánosnak a szobra van. Közöttük domborművek, Jézus, az isteni magvető és Szent Ferenc prédikál a madaraknak és a halaknak.
A bal oldali harmadik, Szent Borbála-oltárt Niczky Borbála készíttette 1748-ban. Az oltár tetején Szent Mihály főangyal szobra, alatta a Niczky család címere látható. A kép Szent Borbála szűz és vértanú lefejezését ábrázolja. Hűen érzékelteti a törökök iránti gyűlöletet, amikor a szent hóhérját- aki a hagyomány szerint saját apja is lehetett - török ruhában és török szablyával ábrázolja. A kép mellett a ferences rend női ága két nagy egyéniségének, Assisi Szent Klárának, az alapítónak és Szent Koleta apátnőnek a szobra áll.
A templomhajó elején, ahol a barokk építmény egybeépült a gótikus kegykápolnával, szinte rokokóba hajló szoborcsoport látható, amely betölti az egész teret. Ezt a Szentháromságot angyalokkal és virágfüzérekkel ábrázoló művészi munkát Lengyel Gáspár készíttette 1747-ben.
A kórus alatti Lourdes-i oltár a XX. század elején készült. Említésre méltó még az oldalkijárat mellett, a kórus alatt levő Ecce Homo- és a Pieta-szobor.
A hajó közepén lévő, vörös márványlappal borított kriptát 1751-ben készíttette maga és neje számára Gál Gábor, a kegyhely egyik legnagyobb jótevője.
A templomhajó építésével egy időben egy nagy kriptát is építettek, amelynek lépcsős lejárata a templomfal déli oldalán nyílik. Ebben a kriptában sokan pihennek a templom jótevői közül. Ide temették 1763. augusztus 3-án Zichy György feleségét, Bezerédi Katalint, 1764. január 26-án Zichy Józsefet, 1765. július 11-én feleségét, Bezerédi Eufrozinát, 1765. július 16-án Radikovics Ferencet, a veszprémi püspökség ügyészét, 1771. február 1-jén báró Saarna Gottfried kuruc őrnagyot. Ez az osztrák főnemes a legenda szerint Magyarország felszabadításáért harcolt II. Rákóczi Ferenc seregében. A szabadságharc bukása után életét Andocson töltötte, és itt is halt meg. 1791. július 25-én ugyancsak ide temették a Czindery család utolsó sarját, Tallián Lászlóné, szül. Czindery Annát. Ezt a kriptalejáratot 1912-ben P. Kiss Arisztid házfőnök befalaztatta, de Kelemen Gábor Alán, az utolsó ferences plébános 1968-ban megnyittatta, hogy majd őt is ide temessék. Ez meg is történt 1986. november 15-én.
Az új liturgikus tér szembemiséző oltára suttői vörös márványból készült, melynek megáldását Kádár László megyéspüspök végezte 1975. december 26-án.
A templom kórusajtaja mellett látható az 1747-ben homokkőből készült fali szenteltvíztartó. Az orgonát P. Pethő Lénárd elgondolása és Gergely Ferenc tervei sze- rint a budapesti Rieger cég készíttette 1942-ben - hárommanuálos, 48 változattal.
Az andocsi kegytemplom és kolostor a Dunántúl legszebb ferences egyházi épületegyüttese. Az egyházközség tulajdonát képezi a két hold udvar és park is, ahol a búcsúsok számára bőven van hely.
A szabadtéri oltár 1979 augusztusára készült el. Máté László helybeli kőfaragómester, illetve hirtelen halála miatt fiai, János, László és István mestermunkája. 2019-ben pedig egy második, modern kültéri misézőhely készült Hent László tervei alapján. A padok mindkét helyen 2023-ban lettek felújítva, illetve újrafestve.   A parkban épült fel 1988-90-ben a zarándokház, ami ma korszerű mellékhelységként üzemel, hogy a zarándokokat ellássa.

A Mária-ruhák múzeuma

Érdemes megnézni a Mária-ruhák múzeumát is. A kegyszobrokat 1747 óta öltöztetik. Az első palástot Széchenyi Katalin grófnő ajándékozta a kegyszobornak, utána sokan követték példáját. 2000 novemberében 240 ruhája volt a kegyszobornak. Ezeket a földszinten két helyiségben- a Mária-ruhák múzeumábantároljuk. Címünk megtalálható a Tájak, korok, múzeumok katalógusban. A turisták számára emlékbélyegzővel rendelkezünk. Az interneten is jelen vagyunk.
A ruhák mind fogadalmi tárgyak, ajándékok. Sok népművészeti munka van közöttük, jelenleg már csak ilyeneket fogadunk el. Található itt az Egyesült Államokból, Venezuelából, sőt, Kínából való is, amely buddhista templomi ruha volt, s itthon szabták át a kegyszobor méretére. Egy-egy ruha két hétig van a kegyszobron. Színük a liturgia színeihez alkalmazkodik. A kegyszobor öltöztetése péntek délelőtt van. Látogatóink számára a múzeumot bármikor kinyitjuk, és szívesen megmutatjuk.
Az andocsi templom a jezsuita atyák ideérkezése óta plébánia és kegytemplom. Az Istent kereső emberek, a plébánia hívei mellett, messzi vidékről több mint három évszázad óta, nagy tömegben keresik fel a templomot.
Végül meg kell emlékezni az Andocsot körülvevő legendáról, amely szerint a mohácsi vész előtt, 1520 körül angyalok hozták el a kegykápolnát egy éjjel Kalocsáról, a csodatévő Mária-szoborral együtt, és tették le a mai helyére. Ez a szájhagyomány ma is él mind Kalocsán, mind Andocson. A kalocsaiak ma is magukénak tartják a kegykápolnát és a kegyszobrot, és ezért 300 év óta minden évben elzarándokolnak lelkipásztoraik vezetésével az Ő" Szűzanyájukhoz. A kalocsaiak mellett a székesfehérváriak zarándoklata ismétlődik rendszeresen, már több, mint 200 éve. Ők szeptember első vasárnapján jönnek. Mindkét zarándokcsoport az évszázadok alatt sok fogadalmi ajándékkal halmozta el az andocsi kegytemplomot és kegyszobrot. A templom belső restaurálása 1998 tavaszán volt, a főoltár aranyozása pedig 2000 májusában-júniusában.